全ルートクリアしてみて、強い・便利だと思ったオススメ機体・ユニットを書いていきます。
基本的には５段階改造のカスタムボーナスやエースボーナスも込みで考慮。なお、極力序盤～中盤の時点で特に使えるユニットをメインに紹介しています。
追記：発売２か月後のアップデートにより、改造段階は１０上限から、１周目開始時点で２０上限までアップ。パラメータは４００上限から９９９上限にアップ。レベル上限値も９９を突破。基本的には火力不足が欠点だったスパイクなどが最も恩恵を受けています。
追加武装や追加パイロット、カスタムボーナス・エースボーナスなど、性能面での若干のネタばれを含むのでご注意ください。
特にオススメの主力級ユニット
主人公機（ティラネード）
●序盤から使える・どのルートにもいける
●カスタムボーナス・エースボーナスが強力
●弾数武器・ＥＮ武器のバランスが良好
今回のオリジナル主人公はサラリーマン。私はまずは男主人公で始めましたが、なかなかいいキャラをしています‥！
どのルートにも行けるという点は、改造をためらわずにやれるので大きい部分。コ・パイロットのラミィが最初から集中が使える・終盤は愛が使えるなど優秀なので、初期誕生日でも十分です。男主人公の初期誕生日はゲーム序盤は直感、中盤は開幕気合や決意で使い勝手良好です。女主人公の初期誕生日も直感・決意・魂などの主要精神は共通、使い方はさほど変わりません。
カスタムボーナスの強化パーツ枠＋１も特典の強力な強化パーツを装備させるのに最適で、エースボーナスの「気力１３０以上で与ダメージ1.1倍。移動力＋１」も前作同様、効果量は低いものの、条件を満たしやすいです。
長距離のＥＮ消費武器、高威力の弾数制Ｐ武器（追加武装）、後継機で追加のＭＡＰ兵器など、状況によっては補給要らずで敵軍を殲滅することも可能（ヒット＆アウェイが欲しい所）。後継機ではＥＮ回復（小）も付くので継戦能力は十分です。後継機でも後半でさらなる追加武装（ＥＮ消費型・長射程武装）も控えています。
雑魚にはラミィの集中、ボスには主人公の直感で大体対応できます。
ソードフィッシュⅡ
●カウボーイで資金稼ぎがお得
●アクロバット・序盤から使える集中で避けて当てる
●空・宇宙適応がＳ
割と早い段階で加入するスパイク。サイズＳの支援機的存在かと正直舐めてましたが‥。これがかなり強い‥！
特殊能力のカウボーイによる資金面での活躍はもちろん、アクロバットで気力により照準値・運動性が上がります。さらに初期から集中が使え、不屈・加速・直感・魂と欲しい所は大体そろいます。決意があれば完璧でしたが‥。
先制攻撃を覚えさせて囮役として突っ込めば、大抵の敵を削ってくれます。後半は火力不足感もありますが、強化パーツ枠が初期で３つなため、スパイラルエフェクターなどで補えば十分。また、発売２か月後に行われたアップデートで、１周目から改造段階が１０→２０までとなり、攻撃力上昇の恩恵を最も受けたのがこのユニット。
ビバップ・フォーメーションによりＰ武器は豊富なので、ヒットアンドアウェイは不要。ただし、囮役をやっているとＥＮ切れが起きるので、Ｅセーブが欲しいです。あとは前述のように先制攻撃。不屈で保険も掛かります。
資金稼ぎに適した特殊能力「カウボーイ」を持ちながら、この命中・回避でそこそこの火力まで備えた、今回の便利ユニット枠でしょう。カスタムボーナスで移動力＋２、全ての武器にサイズ差補正無視が付くため、主人公機の次に優先して改造したいですね。
アルカディア号
●戦艦で決意が使える・さらに補給持ち
●１マップに一度全員に突撃を使用可能
●高威力のＰ武器を持ち前線に出しやすい
比較的序盤から使えるアルカディア号。序盤は育成優先度は低いですが、中盤以降に決意を覚えてからが本番。
戦艦なのでExCが貯まれば周囲にExCを配ることもできますし、指揮で能力アップも可能。行動回復もできるため、可能な限り前線で戦いたい所。
自身は高火力のＰ武器を持ち、後半で追加武装もあります。さらに初期スキルの「宇宙海賊」により、獲得資金・TacPが1.2倍。積極的に敵を倒しても損はありません。
鉄壁が無いのが残念ですが、戦闘向き精神は多いので多少なりとも改造しておけば十分。
１マップに一度全員に突撃をかけられるため、サポートの資金獲得アップなどと合わせて全軍突撃のタイミングで使いたい所。
この性能で後半補給も覚えるので、使わない手はないですね‥！
ゴッドガンダム
●序盤の高火力枠
●見切りと底力で命中・回避も高め
●序盤の強制出撃・イベントも多い
序盤の火力枠。序盤のイベントで１対１になるケースも多く、ある程度改造しておいて損はありません。
イベントで気力が上がっていることも多く、初期習得の見切りが特に活躍してくれます。底力と合わせて、比較的命中回避も高い部類。
ボス戦は直感と不屈で２重に保険をかけられる点が強み。加速・気迫など、使い勝手の面でも良好です。基本的にはボスキラーとして運用しつつ、ＨＰ高めの雑魚の削り役としても活躍できます。
射程が短いため進軍には注意する必要がありますが、後半でも火力要員として十分活躍できます。シャッフル同盟拳を習得してからは射程の穴も少なくなり、使い勝手がさらに向上。脆いのは強化パーツで補助が必要ですが‥。
マジンガーＺ
●高火力のＰ武器が便利（終盤に追加武装あり）
●エースボーナスで出撃時のＥｘＣ＋３
●精神ラインナップが優秀
参戦は中盤に近く、若干遅め。さらに、終盤の追加武装がくるまで他ユニットより攻撃力が低めで、少々見劣りします。一応、後半に合体攻撃も追加されますが、グレートマジンガー未出撃の方が使いやすいかも（攻撃力が落ちるが、周囲でセット運用しなくても良い）。
しかし、中盤の不遇を補って余りある高攻撃力の武装が終盤で追加。勇気の他に熱血も持ち、戦艦（アルカディア号など）で行動回復＋先見＋補給のサポートをすることで、ラスボスも簡単に削り落とせます。ほぼ育成していなくても使えるレベル。Ｂセーブで最強武器の弾数が２発になります。
中盤の時点でも、エースボーナスで出撃時のExCが＋３され、マルチアクションを開幕から連発でき強力。高火力なＰ武器が揃っていることで、使い勝手は良好です。
もちろん装甲値はトップクラスなので、射程を補助してあげれば、必中＋鉄壁で反撃役にもなれます。マルチアクションで雑魚を踏み台にしつつ進軍し、ボスキラーとしても活躍可能。
１周目の時点で育てておけば、２周目以降はかなりの便利ユニットになっているはず。ラスボス前に少し育成するだけでも十分ですよ‥！
ガンバスター
●中盤の時点で参戦・終盤で二人乗りに
●サイズ２Ｌ・高火力・鉄壁で高耐久
●射程が長く、反撃に困らない
終盤参戦のイメージがあるガンバスターですが、今回はガンバスターに乗る前のノリコ達の描写もあり、中盤の時点で参戦してくれます。ちょっと新鮮で嬉しい部分ですね。
ＥＮ消費は激しいものの、ＭＡＰ兵器と長射程武器は弾数制、継戦能力にも優れます。イナーシャルキャンセラーで２０００以下のダメージを無効化も可能、鉄壁と合わせて耐久も問題なし。サイズ２Ｌでサイズ差補正も有利を取りやすいです。
強化パーツではＥＮと移動力を補いたい所。後半の追加武装は射程１なので、レンジエクステンダーとの相性も良いです（射程１の武器の射程も伸びる）。
ＥセーブやＢセーブを付ければ、必中＋鉄壁で反撃戦法しても息切れしにくく強力。自身に根性もあり、カズミに閃きもあるため落ちる心配は要らないでしょう。あえて武器改造・育成をせず、削り役に徹することも可能です‥！
特にオススメの準主力級・サポートユニット
ＸＢガンダムＸ１改・改
●比較的序盤から使える
●キンケドゥのニュータイプ・集中が序盤で便利
●乗せ換え対象キャラが多め
序盤を楽にするため、ちょっとだけ改造に手を入れたいならコチラ。比較的序盤から参戦してくれます。
序盤はキンケドゥのニュータイプと集中がかなり頼りになります。射程が短いのが難点ですが、Ｐ武器は多め。キンケドゥのエースボーナスで格闘武器の射程が＋１されます。また、中盤に追加武装、後半武装の攻撃力アップもあります。
特別強いわけではありませんが、Ｐ武器が豊富でマルチアクションを使いやすい点と、乗せ換え対象キャラの多さから、改造をしておいて育成に役立たせることも可能。期待と補給が使えるイーノ・激励が使えるエル・期待と希望が使えるファなどのレベル上げに活用できます。
トライダーＧ７
●社長スキル持ち（出撃するだけでクリア後TacPを獲得）
●追加武装が来ると火力・使い勝手向上
●社長スキルが唯一エースボーナスで強化
社長スキル持ち。育成用ポイント（TacP）がクリア後に獲得可能。 ワッ太のエースボーナスで唯一社長スキルが強化されます（舞人は資金が増える）。
これ以外に特筆すべきことはないですが、追加武装が来てからは使い勝手がかなり上がります。積極的に雑魚処理に加わることで、すばやくエースになってしまうのがオススメ。
シャトル
●郁恵のおやつ目当て（売却でTacP 100）
●補給時に気力を下げないため便利
●複数乗りで精神が豊富（激励・補給が便利）
基本はエースボーナスによる毎話クリア後の郁恵のおやつ（TaCP 100）目当て。エースになるまで根気よくサブオーダーをこなしましょう。入手し始めは補助精神持ちユニットのＳＰ回復用にも普通に使えます。
一応シャトル側からもトライダーＧ７との合体攻撃を使うことができ、複数乗りなので意外と戦闘もいけます。
気力を下げない補給機（カスタムボーナス）としても使えます。また、激励を覚えるので、ＳＰ回復系の消費パーツをつけて開幕の気力上げに使えます。後半になりますが、サブパイロットが補給も覚えます。
マイトガイン
●社長スキル持ち
●サブパイロットありで精神Ｐが尽きにくい
●エースボーナスで各話クリア後に資金獲得
残念ながらエースボーナスで社長スキルは強化されませんが、舞人のエースボーナスではクリア後に資金３００００獲得が追加されます。前作までのダイターンの効果を合わせたような形で、マイトガインを出すだけで２度オイシイ感じに。
多少なりとも改造しておけば、舞人が直感、マイトガインが加速・不屈など、ボス戦で精神Ｐが尽きにくく強力。対ボス役として出しておくだけでも十分恩恵があります。
グレートマイトガインになってからは、火力・最大射程でも強力になります。燃費は多少悪めなため、雑魚処理は低消費武器で‥！
好きなユニットを使うのが一番！
最終的には強化パーツや改造、パイロット育成でいくらでも強化可能なので、好きなユニットを使うのが一番です。
新規参戦組も優遇される傾向にありますし、新鮮さもあるのでそちらを使うのもアリですね。
まあ、それでも迷うのであれば、主人公機かソードフィッシュⅡが最もオススメです‥！